DNA hibridizasyon dinamiği ve termodinamiği: bir Bose- Einstein yoğuşması mı?

DNA hibridizasyon dinamiği ve termodinamiği: bir Bose- Einstein yoğuşması mı?

Alkan Kabakçıoğlu
Koç Üniversitesi, Fizik Bölümü

Özet: DNA erimesi biyofizik alanında istatistiksel fizik araştırmalarına konu olmuş ilk olgulardan biridir. Eşlenik DNA zincirlerinin erime/birleşme faz geçişinin doğası 60’lı yıllardan bu yana tartışılagelmiş bir problemdir ve ancak 2000’li yıllarda tatmin edici bir yanıt bulmuştur. Yakın zamanda bu sistemi uçları rotasyonel olarak sabitlenmiş ve halka/plazmid DNA yapıları için yeniden ele aldık. Bu alanda en çok kabul gören kuramsal model olan Poland-Scheraga modelini genelleştirerek elde ettiğimiz hibridizasyon davranışının uçları serbest DNA’dan nitelik olarak farklı olduğunu gözledik. Sözkonusu faz geçişi klasik Bose-Einstein yoğuşmasına (BEC) matematiksel olarak eşdeğer bir yapı sergilerken, BEC’nin aksine yoğuşma (burada makroskopik bir dehibridizasyon bölgesinin ortaya çıkması) düşük değil yüksek sıcaklık fazına karşılık gelmektedir. Bu bulguları tartıştıktan sonra bir süredir incelemekte olduğumuz saç tokası (hairpin) yapılarında hibridizasyon dinamiği ve dinamik ölçeklenme davranışı üzerine araştırma sonuçlarımızı da paylaşarak DNA/RNA moleküllerinde sarmal yapının sadece termodinamik değil dinamik özellikler açısından da kritik bir bileşen olduğunu göstereceğim.

Yer: MSGSÜ Bomonti Binası, Fizik Bölümü
Tarih: 05 Nisan 2018 Perşembe, 15:00